Setelah neraka misterius membunuh keluarganya, Shirou diselamatkan dan diadopsi oleh Kiritsugu Emiya, yang mengajarinya cara sihir dan keadilan. Suatu malam, bertahun-tahun setelah kematian Kiritsugu, Shirou sedang membersihkan sekolah, ketika dia mendapati dirinya terjebak di tengah pertemuan mematikan antara dua manusia super yang dikenal sebagai Servant. Selama usahanya untuk melarikan diri, bocah itu ditangkap oleh salah satu Pelayan dan menerima cedera yang mengancam jiwa. Ajaibnya, dia selamat, tetapi Servant yang sama kembali untuk menyelesaikan apa yang dia mulai. Dalam keputusasaan, Shirou memanggil Servantnya sendiri, seorang ksatria bernama Saber. Keduanya sekarang harus berpartisipasi dalam Perang Cawan Suci Kelima, sebuah pertempuran royale dari tujuh Pelayan dan penyihir yang memanggil mereka, dengan hadiah utama tidak lain adalah Cawan Suci yang mahakuasa itu sendiri. Takdir/tinggal malammengikuti Shirou saat dia berjuang untuk menemukan garis tipis antara seorang pahlawan dan seorang pembunuh, cita-citanya berbenturan dengan kenyataan pahit di sekitarnya. Akankah bocah itu menjadi pahlawan seperti ayah angkatnya, atau mati saat mencoba?
